​Las exportaciones y el tren cambiaron a Atotonilco. Varias familias acumulaban buenas ganancias y la población se convirtió en un punto de enlace comercial indispensable para el resto de los Altos de Jalisco.

En ese contexto, podemos decir según la historia, que los señores. Florencio luna, Juan P. Sahagún, Cruz Córdoba, Severo Velázquez, Abraham Ibarra, Cenobio González y Atanasio Becerra eran de los mas notables productores de naranja.

Con el boom de las exportaciones llegaron los dólares y la economía local estaba en bonanza, de tal suerte que el centro de la población se llenó de casas señoriales de dos pisos, mientras que alrededor se agrupaban las de adobe y teja y más afuera las de piedra y zacate.

La gente se acostumbro a la buena vida a los días de campo, y a recibir a los visitantes al «jardín de Jalisco», (después conocido como Vergel de Jalisco) y a brindar con el vino de naranja, hasta que llegó la mosca, que fue el pretexto para que los estados unidos prohibieran la importación de fruta de México en 1913; era así el fin del milagro cítrico de México, aunque la producción continuaría por algunos años mas. Lo que quiere decir que paso todavía un buen tiempo para que los naranjales de Atotonilco desaparecieran. Posteriormente en la canción himno que compusiera el Dr. Juan Jose Espinosa, cantamos en ese atotonilco de naranjos en flor.

Según los datos históricos encontrados, tuvo que intervenir el Gobierno Federal ante el delicado problema que se presentaba en nuestro municipio. Fiel testimonio es la documentación digitalizada que tiene la universidad de Nuevo León, de la comisión de parasitología agrícola en el año de 1899 a 1902 en donde consulta a los principales productores de naranja como se ha respondido ante los trabajos de fumigación para destruir lo que se conoció como el gusano barrenador.

Por otra parte y en ese mismo tenor de la información inicial, otra versión sobre la época de oro de la producción de naranjas en Atotonilco el Alto y que es muy similar a la anterior la tiene con motivo del primer congreso La Red de Investigadores Sociales sobre Agua del 18 y 19 de marzo de 2010, de lo que resaltamos lo siguiente:

Philip Terry, quien a principios del siglo XX realizó un viaje en ferrocarril entre Atotonilco y Ocotlán, relata lo siguiente: un ramal del ferrocarril (ramal de Atotonilco) va desde aquí (un tren diario, 1 hora y media) con rumbo al norte a Atotonilco, a 35 km, en una región que produce excelentes naranjas. Cientos de vagones de carga llevan el producto de los vastos plantíos a la Ciudad de México (también a los Estados Unidos), donde hay especial demanda por la fruta. En estas inmediaciones se cultivan algunas deliciosas naranjas (sin semillas). El municipio de Atotonilco el Alto fue conocido por la cantidad de productos alimenticios, que debido a las condiciones topográficas de sus tierras , alimentadas por ricas fuentes hídricas que facilitaba que las tierras fueran fértiles obteniendo grandes variedades frutales especialmente naranjas, café y guayabas, además de verduras y tejidos de algodón y lana, mercancía que era comercializada no solo en la ciudad de Guadalajara, ya que su producción sobre todo la naranja era enviada a Vancouver, Canadá y a New York, EU. El cultivo de la naranja fue uno de los negocios agrícolas más prósperos y de expansión mundial, traída a México por los españoles durante la conquista. La calidad del fruto de la naranja en Atotonilco hizo posible cada vez mayor su industrialización, produciendo, los vinos de naranja rojas y santos tradicionales.