​En octubre de 1927, al grito de ¡Viva Cristo Rey!, organizó entre los cristeros la celebración solemne de la fiesta de Cristo Rey. También se adoptó para los campamentos cristeros el lema de la Unión Popular, por Dios y por la Patria.

Miguel buscó nueva dirección, al hacerse cargo del movimiento ante la falta del maestro Anacleto González , encontrándola en Palmitos. Las primeras semanas de 1928 transcurrieron sin incidentes notorios. La resistencia de los católicos se había consolidado; las acciones beligerantes se planeaban de acuerdo a estrategias oportunas; los recursos, siempre escasos, se administran con tino, y el adiestramiento de las tropas había mejorado notablemente.

Para defender la libertad y la justicia, aceptó el nombramiento de Gobernador de Jalisco, conferido por los católicos de la resistencia.

Perseguido por las fuerzas federales, fue sorprendido caminando de San Julián rumbo a Guadalajara ,en “El Lindero”, municipio deAtotonilco el Alto, Jalisco; lazado, arrastrado a cabeza de silla y asesinado a balazos por el ejército federal, el 21 de marzo del año 1928.

Irónicamente memoria civil por el natalicio de Benito Juárez-, una avanzada militar, aprovechando el descuido o la complicidad del centinela, se apostó en torno a la finca ocupada por Gómez Loza y su secretario, el señor Dionisio Vázquez. Cuando se advirtió la presencia de los adversarios era demasiado tarde para escapar. Gómez Loza y Dionisio Vázquez emprendieron la huida; el primero, portador de documentos relativos a la resistencia activa de los católicos, intentó destruirlos antes de recibir por el pecho y por la espalda los disparos de sendos francotiradores apostados en lugares estratégicos. Nicho Vázquez, “el correo” murió junto con el Gobernador Civil.

Consumada la muerte, el cadáver fue trasladado a Atotonilco, de donde fue conducido a Guadalajara, Es por eso que los atotonilquences deberíamos tenerlo como propio ya que regó con su sangre el suelo atotonilquence.

Le sobreviven dos de sus tres hijas, una de ellas, Guadalupe, vive, a una cuadra del Santuario de nuestra Señora de Guadalupe, en Gudalajara en donde descansan los restos de su padre, al lado derecho del Altar mayor, junto con los de su maestro el también Beato Anacleto Gonzáles Flores.

Después de la muerte de Anacleto, ocurrida el 1º de abril de 1927, la Liga Nacional Defensora de la Libertad Religiosa, autoridad máxima entre los católicos de la resistencia, expidió un nombramiento a favor de Miguel Gómez Loza, confiriéndole la gubernatura provisional del Estado de Jalisco para los municipios adeptos a dicha resistencia.

Y a la muerte de Gómez Loza, en lo sucesivo, Gorostieta se convertirá en el líder del movimiento en la región.